Początków naszej parafii należy upatrywać w rozbudowujących się po drugiej wojnie światowej osiedlach: Sady Żoliborskie, Serek Żoliborski oraz Zatrasie. Wielu mieszkańców tych osiedli nie mając swojego kościoła parafialnego brało udział w nabożeństwach w kaplicy sióstr zmartwychwstanek. Był to równocześnie czas stalinizmu, ze wszystkimi przejawami bezprawia i przemocy. Jednym z takich przejawów było likwidowanie szkół katolickich. Likwidowano również placówki zgromadzeń zakonnych, męskich czy żeńskich. Siostrom zmartwychwstankom i prowadzonemu przez nie Żeńskiemu Liceum Ogólnokształcącemu groziła eksmisja. W tej sytuacji Prymas Polski arcybiskup Stefan Wyszyński zdecydował się utworzyć przy kaplicy sióstr zmartwychwstanek formalny ośrodek duszpasterski. Dnia 1 września 1952 roku wszedł w życie dekret erygujący naszą parafię. Teren z 21 ulicami został wyłączony z parafii św. Stanisława Kostki. Pierwszym proboszczem parafii został ksiądz prałat Teofil Bogucki, który na swój urząd został wprowadzony 7 września 1952 roku.
Ówczesna kaplica zakonna, podniesiona do rangi parafialnej, pełniła tę rolę do 1985 roku. W ołtarzu głównym widniał wizerunek Matki Bożej Fatimskiej, a 1 czerwca 1953 roku biskup Karol Niemira poświęcił obraz Chrystusa Miłosiernego, który został umieszczony w ołtarzu bocznym. W drugim znalazł się krzyż z figurą Ukrzyżowanego Chrystusa (kopia krucyfiksu Wita Stwosza z kościoła mariackiego w Krakowie.
Zanim kościół został wybudowany w 1969 roku roku ksiądz proboszcz Teofil Bogucki otrzymał zgodę od sióstr zmartwychwstanek na zagospodarowanie przez parafię ich terenu za kaplicą od strony ogrodu. Dlatego w maju 1970 roku postawiono tzw. kaplicę pod parasolami, którą zaprojektował Czesław Czułowski. W rzeczywistości było to tylko zadaszenie o bardzo praktycznym zastosowaniu. Skomponowana ze stali o strukturze plastra miodu. Pomysł ten zrodził się na skutek uporu władz miejskich, które nie zgadzały się na budowę nawet kaplicy tymczasowej.
7 października 1974 roku decyzją Kurii Metropolitalnej w Warszawie dotychczasowy proboszcz parafii ks. Teofil Bogucki został przeniesiony na urząd proboszcza sąsiedniej parafii św. Stanisława Kostki. Jego miejsce zajął profesor psychologii – ks. Ryszard Śliwiński. Wzbudziło to nadzieje na budowę kościoła, jednak przeszkody ze strony władz miasta nie ustawano. Cztery lata później w 1978 roku pojawiła się ze strony władz administracyjnych obietnica zgody na budowę świątyni, ale bez wyraźnego wskazania lokalizacji. Projekt miał wykonać prof. Tadeusz Zieliński. Obietnice jednak pozostały bez pokrycia. Władze stolicy nie przewidziały w planach rozbudowy Żoliborza żadnego nowego obiektu sakralnego. W tym stanie rzeczy pozostało księdzu proboszczowi liczyć jedynie na życzliwą postawę zmartwychwstanek, które dysponowały niewielkim placem przy klasztorze. Zgoda na budowę kościoła i plebanii nadeszła na wiosnę 1981 roku wg projektu wspominanego prof. Zielińskiego. Pierwsze prace budowlane rozpoczęto już 11 kwietnia. W dwa miesiące później biskup Jerzy Modzelewski uroczyście poświęcił kamień węgielny. Latem pokryto sklepieniem kościół dolny, a jesienią mury świątyni podciągnięto do gzymsu. Taki stan budowy został trzeci proboszcza parafii – ks. Antoni Dębkowski, który 20 listopada 1981 objął urząd po ks. prof. Ryszardzie Śliwińskim. Stan wojenny oraz trudności materialne przyhamowały tempo budowy, jednak prace były cały czas kontynuowane. 23 grudnia 1984 roku o godzinie 10:00, w surowym wnętrzu świątyni, odprawiona została pierwsza Msza Święta celebrowana przez ks. proboszcza Antoniego Dębkowskiego. W roku następnym przeniesiono z kaplicy do dolnego kościoła krzyż, ołtarz, ambonę i obraz Chrystusa Miłosiernego. Zaczęto także wystrajać prezbiterium górnego kościoła. W świątyni znalazły się marmurowy ołtarz, dębowe ławki oraz 24-głosowe organy z firmy Jana i Dariusza Zychów w Wołominie. Prace w prezbiterium oraz wykończenie posadzki zakończyły się w październiku 1993 roku. Wybudowany i wyposażony kościół konsekrował kard. Józef Glemp, prymas Polski, 5 czerwca 1995 roku podczas uroczystej mszy świętej.
Oprac. ks. Łukasz Dańczak
Materiały źródłowe:
Barbara Kowalczyk, Anna Laszuk i in. Parafia na Sadach. Jubileusz 50-lecia parafii św. Jana Kantego w Warszawie 1952-2002, Warszawa 2002
Ks. Grzegorz Kalwarczyk, Przewodnik po parafiach i kościołach Archidiecezji Warszawskiej. Tom 2 Parafie warszawskie., Warszawa 2015
